Setelah menjalankan tugas sejak 11 Agustus 2005, Komisi Kebenaran dan Persahabatan Indonesia-Timor Leste (KKP) menyerahkan laporan akhir tentang temuan pelanggaran berat HAM sebelum, pada saat dan sesudah penentuan jajak pendapat di Timor Leste pada September 1999 kepada Presiden RI Susilo Bambang Yudhoyono, Presiden Timor Leste Jose Ramos Horta dan Perdana Menteri Timor Leste Ray Xanana Gusmao di Nusa Dua Bali tanggal 15 Juli 2008. Acara diawali dengan sambutan penyerahan oleh Ketua KKP Timor Leste Dionisio CBS, yang menyatakan bahwa temuan pelanggaran HAM berat, latar belakang, konteks terjadinya pelanggaran berat HAM itu sama sekali tidak ditujukan untuk suatu proses hukum.

Temuan ini ditujukan untuk proses penyembuhan luka lama, rekonsiliasi, dan menjamin peristiwa serupa tidak terulang lagi. Kemudian acara dilanjutkan dengan penyerahan Laporan akhir KKP kepada Presiden Yudhoyono, Presiden Horta dan PM Xanana oleh Ketua KKP Indonesia Benjamin Mangkudilaga.Laporan akhir tersebut berisi tujuh bab, termasuk bab khusus yang berisi tujuh rekomendasi. Laporan akhir KKP berkesimpulan bahwa TNI, Polri dan pemerintah sipil semuanya memikul tanggung jawab kelembagaan atas sejumlah kejahatan dan pelanggaran berat HAM. Kejahatan tersebut antara lain berupa pembunuhan, pemerkosaan, penyiksaan, penahanan illegal, penghilangan kemerdekaan fisik berat lainnya, pemindahan paksa, dan deportasi.

Setelah laporan akhir KKP tersebut diserahkan, masing-masing kepala Negara/pemerintahan memberikan kata sambutannya, diawali oleh sambutan Presiden Yudhoyono dan selanjutnya sambutan Presiden Horta. Dalam sambutannya Presiden Yudhoyono mengatakan “Laporan akhir KKP adalah sebagai upaya mencari kebenaran hakiki untuk penyelesaian tuntas pelanggaran berat HAM dimasa lalu meskipun hal itu dicapai dengan jalan yang kadang menyakitkan. Hanya melalui akuntabilitas yang akurat atas berbagai ketidak adilan missal yang pernah terjadi di masa lampau, kita akan dapat memberdayakan sebuah masyarakat yang terbelah untuk menyembuhkan dirinya sendiri. Dalam hal ini, berbagai ketidakbenaran tentang apa yang pernah terjadi harus dikeluarkan agar proses rehabilitasi efektif ”.

Setelah menyampaikan sambutan, Presiden Yudhoyono, Presiden Horta dan PM Xanana, masing-masing menandatangani pernyataan bersama yang berisi 14 pokok pernyataan yang menekankan upaya panjang menyembuhkan luka masa lalu kedua Negara melalui KKP yang merupakan proses non yudisial dengan penekanan tanggung jawab kelembagaan untuk penyelesaiannya. Rekomendasi KKP merupakan tanggapan terhadap kebutuhan-kebutuhan mereka yang hidupnya telah terkena dampak kekerasan pada pelaksanaan jajak pendapat pada 1999. Laporan akhir KKP menyimpulkan bahwa milisi pro-otonomi merupakan pelaku langsung utama dan kerap kali melibatkan anggota TNI, Polri dan pejabat sipil.

Oleh karena itu KKP berkesimpulan bahwa TNI, Polri dan pemerintah sipil memikul tanggung jawab kelembagaan atas kejahatan pelanggaran HAM yang terjadi. Namun demikian laporan akhir KKP tersebut dibalut dengan moto “Per Memoriam ad Spem” (Melalui Kenangan Menuju Harapan).

Rekomendasi KKP
1. Rekomendasi akuntabilitas dan reformasi kelembagaan
- Program pelatihan HAM khusus pada peran pasukan keamanan dan organisasi Intelijen dalam situasi konflik politik, demonstrasi massa, dan kerusuhan sipil - Program pelatihan HAM khusus pada peran institusi sipil tertentu
- Memperkuat wewenang dan efektivitas lembaga atau badan yang ditugaskan untuk penyelidikan dan penuntutan pelanggaran HAM yang diduga dilakukan anggota militer, polisi, atau lembaga keamanan lain.
- Pelatihan khusus militer, polisi, pejabat sipil untuk meningkatkan perlindungan bagi perempuan, anak-anak, dan penduduk rentan lain

2. Rekomendasi kebijakan perbatasan
- Kedua Negara membentuk zona-zona damai bebas visa yang sudah ada secara Informal di perbatasan
- Kerjasama lapangan, koordinasi dan pelatihan yang melibatkan patroli bersama dan pos-pos perbatasan bersama.
- Menegakkan standar keahlian professional dan teknis secara kualifikasi personel keamanan perbatasan.
- Memungkinkan “Perlintasan Aman” WNI keturunan Timor Leste dan Warga Timor Leste keturunan Indonesia.

3. Rekomendasi untuk mendorong resolusi konflik dan penyediaan layanan Psikososial bagi para korban.

4. Rekomendasi terkait soal ekonomi dan asset

5. Rekomendasi pembentukan komisi untuk orang hilang

6. Rekomendasi untuk pengakuan melalui ungkapan penyesalan dan permintaan maaf

7. Rekomendasi jangka panjang dan aspiratif mencakup pertukaran kebudayaan, pendidikan, kesehatan, memelihara jasad orang yang gugur, dan kemungkinan kewarganegaraan ganda.[]